DNA Dizilemede 454 Yöntemi Nedir?
2005 yılında, 454 Life Sciences ilk yeni nesil DNA dizileyiciyi piyasaya sürdü. DNA dizileme teknolojisinde böylece büyük bir ilerleme adımı atılmış oldu.
- 454 yöntemi, tek bir günde bir milyon baza ulaşana eşdeğer DNA parçalarını dizileyebilir. Bu uzunluk, insan genomunun 1/3’ü kadardır.
- İnsan Genomu Projesi’nde DNA dizilemek için kullanılan yöntemlerden çok daha hızlı ve düşük maliyetlidir.
- Bununla birlikte, bu platformun da kendi zayıf yanları var. Özdeş bazların yinelemeli dizilerinde, ayırt etme güçlükleri olabiliyor.
454 DNA Dizileme Nasıl İşliyor?
- Süreç, çift sarmallı bir DNA örneği ile başlıyor.
- DNA, restrüksiyon enzimleri ile yaklaşık 400 ile 600 arasında değişen baz çiftlik parçalara ayrılıyor.
- Uyumlandırıcılar (İng. adaptors) olarak adlandırılan kısa DNA dizilimleri, bu DNA parçalarına ekleniyor.
- Karışıma küçük reçine boncukları katılıyor.
- Boncuklar üzerindeki DNA dizilimleri, uyumlandırıcıların üzerindekileri bütünleyici oluyor ve böylece DNA parçalarının doğrudan boncuklara bağlanması sağlanıyor.
- DNA parçaları boncukların üzerindeki DNA’lara bağlandığında, çift sarmalı bir arada tutan bağlar kırılıyor ve iplikler ayrılıyor. Tek iplikli DNA haline geliyorlar.
- Ardından DNA parçaları, polimeraz zincir tepkimesi olarak bilinen bir tepkime ile her boncuk üzerinde sayısız kez kopyalanıyor. Böylece DNA diziliminin milyonlarca özdeş kopyası oluşuyor.
- Sonra boncuklar filtre edilerek, herhangi bir DNA’ya bağlanamayanlar ya da birden fazla çeşit DNA parçası barındıranlar ayıklanıyor.
- Geriye kalan boncuklar, dizileme tepkimesi için gerekli olan DNA polimeraz ve primer içeren enzim boncuklarıyla birlikte, bir dizileme tabağındaki kuyulara konuyor; her kuyuda bir boncuk olacak biçimde.
- Polimeraz enzimi ve primer, boncuklardaki DNA parçalarına bağlanıyor.
- Nükleotit bazları, her seferinde bir çeşit baz olacak şekilde dalga dalga kuyulara ekleniyor.
- Herbir baz DNA ile birleştiğinde ışık tutularak kameraya alınıyor.
- Işığın yoğunluğu, yerleşen nükleotitlerle aynı türdekilerin sayısına denk geliyor. Örneğin eğer ard arda üç A dizide bulunuyorsa, üretilen ışık tek A içeren parçadan üç katı oluyor.
- Işık yoğunluğunun deseni çizilerek, orijinal DNA parçasındaki dizilim çözülebiliyor.
Kaynak: YourGenome <http://www.yourgenome.org/facts/what-is-the-454-method-of-dna-sequencing>
BilimFili.com "DNA Dizilemede 454 Yöntemi Nedir?”
https://bilimfili.com/dna-dizilemede-454-yontemi-nedir/
Genetik Haberleri
-
Bugün 16 Nisan Dünya Biyologlar Günü!
-
Allopatrik türleşme nedir ? Nasıl Gelişir ?
-
Maryland’teki “Kölelerin” Yaşayan 42.000 Akrabası Bulundu
-
Araştırmacılar kediler, yunuslar, kuşlar ve düzinelerce başka hayvanın genom haritasını çıkarıyor
-
Kolombiya'da nadir görülen bir kuş türünde "gynandromorphy" gözlemlendi
-
Kurumaya dayanıklı bitkiler için genom veritabanı yayınlandı
-
En son DNA barkodlama teknolojisiyle İsrail'in tatlı su balık türleri listesinin yeniden gözden geçirilmesi
-
İnsanların Daha Önce Bilinmeyen Bir Dokunma Duyusu Keşfedildi
-
Bilim İnsanları Tüm İnsan Genomunun Dizilimini Çıkardı. Ancak Henüz Bitmedi
-
İlk Defa Tazmanya Kaplanından RNA Elde Edildi
-
Neandertal DNA’nız, Sizi Acıya Karşı Daha Hassas Yapıyor Olabilir
-
Epigenetik ve Epigenetik Mekanizmalar
-
İlk taslaktan 20 yıl sonra insan Y kromozomu tamamen dizilendi.
-
Kim Bu Kimerizm? Tek Bedende İki Kişi
-
Gen terapi, genetik materyalin yeniden düzenlenmesi