DNA YAPISI VE ÖZELLİKLERİ
Bütün tek ve çok hücreli organizma ile bir kısım virüslerde genetik materyal DNAdır. DNA yapı ve özellikleri başlığı altında, DNAnın moleküler yapısı, deoksiriboz, fosfat ve pürin ve primidin bazlarının yapıları ve birbirleri ile verdikleri reaksiyonlardan başlanarak anlatılmaktadır.nükleozid, nükleozit fosfat, nükleotid ve nükleozid-tri-fosfatlar hakkında bilgi verilmekte, nükleozit-tri-fosfatların DNA polimerini oluşturma reaksiyonları, purin pirimidin eşleşme özellikleri anlatılmaktadır.
DNA çift sarmalının özellikleri, çeşitli ortam koşullarında biarbirine dönüşebilen DNA formları hakkında bilgi verilmektedir.
DNA replikasyonunun yarı koruyucu (semikonservatif) özelliği deneysel örnek verilerek; ökaryotik ve prokaryotik DNA replikasyonu basamakları karşılaştırmalı olarak ve görev alan proteinlerle ilgili bilgileri de kapsamak üzere açıklanmaktadır.
Ayrıca bu başlık altında DNA hasar tipleri, bunlara neden olan etkenler ve tamir mekanizmaları açıklanmakta; genom DNAsının farklı bölgeleri (tekrar dizinleri, gen aileleri, satellit DNA, gen kontrol bölgeleri, sessiz bölgeler gibi terimlere de açıklık getirilerek) ayrıntılı bir sınıflandırma yapılarak anlatılmaktadır.
Gen aktivitelerinin ayarlanması (Genetik kontrol mekanizmaları)
Çok hücreli bir organizmdeki bütün hücreler aynı genoma sahiptirler. Ancak, bu hücrelerdeki gen ürünleri ve bu ürünlerin düzeyleri hücreden hücreye, ya da aynı bir hücrede bir andan diğerine farklılık göstermektedirler Hücrelerin özelleştikleri fonksiyonlara ve o andaki gereksinimlere uygun ürünleri, uygun düzeylerde bulundurdukları gözlenmektedir.çok ya da tek hücreli organizmalarda her bir hücredeki gen ifadesi çeşitli mekanizmalarla ayarlanmaktadır.Bu kontrol mekanizmaları. Tek hücrelilerin çevre koşullarına; çok hücrelilerde ise hücrelerin birbirlerine uyumunu sağlamaktadır.
Konunun kapsadığı alt başlıklar şunlardır:
Bakteride enzim (protein) sentezinin ayarlanması,
1)Laktoz operonu örneğiyle anabolik/katabolik operon; konstitutif (zorunlu)/fakültatif (seçimli) enzim; katabolit aktivator proteini; indüktör; regülatör bölge; triptofan operonu örneğiyle, repressör; korepressör; son ürün inhibisyonu, genetik polarite terimleri ve mRNA düzeyinde genetik kontrol mekanizması,
2) arabinoz operonu örneği üzerinden ise gen aktivitesinin, gen ürünü tarafından negatif /pozitif kontrolu; RNA yapısına bağlı; küçük RNAlar ya da ribozomal proteinler veya alarmonlar aracılığı ile translasyon düzeyindeki kontrol ayrıntılı olarak açıklanmaktadır.
Ökaryotlarda gen aktivitesinin ayarlanması ise,
1)Duplikasyon ya da amplifikasyon,
2)Metilasyon/demetilasyon v.b yollarla selektif gen inaktivasyonu/aktivasyonu,
3)Gen yeni düzenlenmeleri (rearrangement) ile kontrol,
4)Arttırıcı (enhancer) ve susturucu (silencer) DNA bölgeleri ile aktivite ayarlanması,
5)Posttranskripsiyonel kontrol ve
6)Hormonal kontrol ikincil başlıkları ile anlatılmaktadır.
Mitoz ve amitoz bölünmeler
Girişte, bilinen hücre bölünmesi tiplerinin genel sınıflandırması ve tanımları yapıldıktan sonra, insan dahil çok hücrelilerin kimi hücrelerinde normal olarak, kimi hücrelerinde ise kanser ya da çevre koşulları nedeniyle normal dışı gerçekleşen amitoz bölünme kısaca anlatılmaktadır.
Konunun devamında ayrıntılı olarak, hücre döngüsü,ve bu döngünün G1, G0, G2, S (DNA biyosentezi) ve M (mitoz) bölümleri; mitoz bölünme fazların ve bu fazlar sırasında hücrede gerçekleşen moleküler olaylar, çekirdek ve hücreye ait hareket ve değişimler, ayrıca mikrotübüllerin yapımı, moleküler yapıları, S ve M fazlarına geçişleri kontrol eden moleküller ve çalışma prensipleri anlatılmakta; hücre döngüsü sırasında her bir basamakta hücrenin DNA düzeyi (n, 2n, 4n), çeşitli proteinlerin düzeylerindeki değişiklikler; kromozom, kromatid, sentromer, kinetokor, metafaz ve interfaz kromozomu ile kardeş kromatid değişimleri üzerinde durulmaktadır...
Mayoz bölünme, ovogenez ve spermatogenez
Mayotik bölünme, ovogonyal ve spermatogonyal kök hücrelerin ard arda geçirdikleri mitoz bölünmeler sonucunda oluşan ve özel moleküler sinyallerle uyarılan hücrelerin bir S fazı sonrasında geçirdikleri ard arda iki bölünmeyi (mayotik I. Ve Mayotik II. Bölünmeler) kapsar, birinci bölünme daha uzun sürmekte ve kendine özgü alt fazları, tamir mekanizmaları, sinaps, kiazma, krossing/over ve gen dönüşümü (gene conversion), sentromer bölünmesinin olmaması gibi olay ve özelliklerle mitoz bölünmeden ayrılır. İkinci bölünme ise mitoz bölünmenin aynıdır. Mayotik bölünmenin en önemli sonuçları, türe özgü kromozom sayısının korunması ve rekombinantların orta çıkmasıdır...
Konu, birbirine paralel çizilmiş mitoz bölünme, mayoz bölünme, ovojenez ve spermatojenez şemaları üzerinden karşılaştırmalı ve ayrıntılı olarak sunulmakta, bu olaylar sırasında gerçekleşen hücre ve kromozom hareketleri, kromozom ve gen hareketlerinin ilişkileri, bu hareketlerin ovojenez ve spermatojenezdeki zamanlamaları ve farklılıkları üzerinde durulmaktadır...
Mozaiklik ve şimerizm
Bu başlık altında, aynı bir organizmde, farklı kromozom kuruluşlu hücrelerin birlikte bulundukları mozaiklik (mikzoploidi) ve şimerizm (freemartinizm) karşılaştırmalı olarak ele alınmakta, oluşum mekanizmaları, oluştukları düzeyler (gametik, zigotik, somatik gibi) ve bunlara göre etkileri, ayrıca mozaikliğin özel bir tipi olan Lyonizasyon ve kromozom sapmalarının saf formlarının oluşturdukları etkilerle karşılaştırmalar yapılmaktadır.
Mendel Genetiği
Konunun girişinde, Genetiğin babası olarak adlandırılan Mendel’in yaptığı deneyler, elde ettiği sonuçlar, başarılı olmasını sağlayan etkenler ve Mendel’in sonuçlarından, günümüzdeki DNA; gen; hücre bölünmeleri; kromozom hareketleri ve kalıtım arasındaki ilişkiler anlayışına ulaşılana kadar yapılanlar kısaca özetlenmektedir.
Daha sonra, mayotik kromozom hareketleri ile allellerin ve farklı genlerin hareketleri karşılaştırılarak Mendel’in birinci ve ikinci kuralları verilmektedir... gen, allel, hibrit, parental döl, filial döl, çaprazlama, genotip, fenotip gibi terimler konunun akışı içerisinde açıklanmakta, genotiplerden gametlerin saptanması, mono-, di- ve trihibrit çaprazlama, kendileştirme, test çaprazlaması, çaprazlama tablolarının hazırlanıp, sonuçların değerlendirilmesi örnek problem çözümleri ile anlatılmaktadır. Alleller arasındaki ilişkiler (dominantlık, intermedier kalıtım, multipl allelizm gibi alt başlıklarla), farklı genler arasındaki ilişkiler (epistasi, modifikatör,süpressor genler letal genler gibi alt başlıklarla) ayrıntılı olarak anlatılmaktadır. Ayrıca bağlı (linked) genler ile krossing/over ilişkisinden yararlanılarak, incelenen genlerin kromozom üzerinde birbirlerine göre yerleşimlerinin bulunması, örnek problemlerle anlatılmaktadır.
DNA metilasyonu
Çoğu ökaryotik organizmanın DNAsı, replikasyon sonrasında bir takım değişikliklere uğrar. Bu değişikliklerden biri de baz metilasyonudur. Metilasyona uğrayan baz genellikle CG (sitozin_guanin) ikililerindeki C bazıdır. DNA metilasyonundan sorumlu enzimlerin genel adı, metil transferazlardır. C metilasyonu gen ifadesinin kontrolunda rol oynayan mekanizmalardan biridir. Bu konu başlığı altında, gen aktivitesinin kontroluyla ilgili metilasyonun DNA daki yerleşimi, nasıl rol oynadığı, DNA metilasyonu ile sınırlayıcı (restriction)enzimlerinin ilişkilerinden yola çıkılarak DNA metilasyonunun incelenmesinin temel prensipleri, bu inceleme metodlarının, onkogenlerin demetilasyonları ya da tümör supressör genleri metilasyonu ile ortaya çıkabilen kanser tiplerinin ve başka hastalıkların tanı ve sınırlı da olsa tedavisinde yararlı olabileceğini gösteren bulgular tartışılmaktadır...
Hücreler arası haberleşme
Tek hücrelilerde gözlenen fototaksi, kemotaksi gibi hücre-çevre ya da feromenler aracılığı ile olduğu gibi hücre-hücre haberleşmesi, çok hücrelilerde daha da gelişmiş ve karmaşıklaşmış bir organizma içi sosyal kontrol mekanizması şeklinde karşımıza çıkmaktadır. Hücreler arası haberleşme, büyüme; yaşama; çoğalma; ölüm v.b. olayların düzenlenmesini ve hücreler arasındaki koordinasyonu sağlar. Konunun akışı içerisinde, sinyal molekülleri (ligandlar), alıcı moleküller (reseptörler)in çeşitler, özellikleri ve çalışma mekanizmaları, hücreler arası haberleşmenin genel prensipleri, sinyal kaynağı ve hedef hücrelerin özelliğine göre haberleşme tipleri (parakrin, sinaptik, endokrin ve otkrin haberleşme gibi), hücre içerisindeki sinyal akışı ve enerji kullanımı modelleri ile hücresel aktivitelerin, diğer hücrelerin aktiviteleri ile uyumluluğunun nasıl sağlandığını gösteren örnekler konu kapsamına alınmıştır.
DNA çift sarmalının özellikleri, çeşitli ortam koşullarında biarbirine dönüşebilen DNA formları hakkında bilgi verilmektedir.
DNA replikasyonunun yarı koruyucu (semikonservatif) özelliği deneysel örnek verilerek; ökaryotik ve prokaryotik DNA replikasyonu basamakları karşılaştırmalı olarak ve görev alan proteinlerle ilgili bilgileri de kapsamak üzere açıklanmaktadır.
Ayrıca bu başlık altında DNA hasar tipleri, bunlara neden olan etkenler ve tamir mekanizmaları açıklanmakta; genom DNAsının farklı bölgeleri (tekrar dizinleri, gen aileleri, satellit DNA, gen kontrol bölgeleri, sessiz bölgeler gibi terimlere de açıklık getirilerek) ayrıntılı bir sınıflandırma yapılarak anlatılmaktadır.
Gen aktivitelerinin ayarlanması (Genetik kontrol mekanizmaları)
Çok hücreli bir organizmdeki bütün hücreler aynı genoma sahiptirler. Ancak, bu hücrelerdeki gen ürünleri ve bu ürünlerin düzeyleri hücreden hücreye, ya da aynı bir hücrede bir andan diğerine farklılık göstermektedirler Hücrelerin özelleştikleri fonksiyonlara ve o andaki gereksinimlere uygun ürünleri, uygun düzeylerde bulundurdukları gözlenmektedir.çok ya da tek hücreli organizmalarda her bir hücredeki gen ifadesi çeşitli mekanizmalarla ayarlanmaktadır.Bu kontrol mekanizmaları. Tek hücrelilerin çevre koşullarına; çok hücrelilerde ise hücrelerin birbirlerine uyumunu sağlamaktadır.
Konunun kapsadığı alt başlıklar şunlardır:
Bakteride enzim (protein) sentezinin ayarlanması,
1)Laktoz operonu örneğiyle anabolik/katabolik operon; konstitutif (zorunlu)/fakültatif (seçimli) enzim; katabolit aktivator proteini; indüktör; regülatör bölge; triptofan operonu örneğiyle, repressör; korepressör; son ürün inhibisyonu, genetik polarite terimleri ve mRNA düzeyinde genetik kontrol mekanizması,
2) arabinoz operonu örneği üzerinden ise gen aktivitesinin, gen ürünü tarafından negatif /pozitif kontrolu; RNA yapısına bağlı; küçük RNAlar ya da ribozomal proteinler veya alarmonlar aracılığı ile translasyon düzeyindeki kontrol ayrıntılı olarak açıklanmaktadır.
Ökaryotlarda gen aktivitesinin ayarlanması ise,
1)Duplikasyon ya da amplifikasyon,
2)Metilasyon/demetilasyon v.b yollarla selektif gen inaktivasyonu/aktivasyonu,
3)Gen yeni düzenlenmeleri (rearrangement) ile kontrol,
4)Arttırıcı (enhancer) ve susturucu (silencer) DNA bölgeleri ile aktivite ayarlanması,
5)Posttranskripsiyonel kontrol ve
6)Hormonal kontrol ikincil başlıkları ile anlatılmaktadır.
Mitoz ve amitoz bölünmeler
Girişte, bilinen hücre bölünmesi tiplerinin genel sınıflandırması ve tanımları yapıldıktan sonra, insan dahil çok hücrelilerin kimi hücrelerinde normal olarak, kimi hücrelerinde ise kanser ya da çevre koşulları nedeniyle normal dışı gerçekleşen amitoz bölünme kısaca anlatılmaktadır.
Konunun devamında ayrıntılı olarak, hücre döngüsü,ve bu döngünün G1, G0, G2, S (DNA biyosentezi) ve M (mitoz) bölümleri; mitoz bölünme fazların ve bu fazlar sırasında hücrede gerçekleşen moleküler olaylar, çekirdek ve hücreye ait hareket ve değişimler, ayrıca mikrotübüllerin yapımı, moleküler yapıları, S ve M fazlarına geçişleri kontrol eden moleküller ve çalışma prensipleri anlatılmakta; hücre döngüsü sırasında her bir basamakta hücrenin DNA düzeyi (n, 2n, 4n), çeşitli proteinlerin düzeylerindeki değişiklikler; kromozom, kromatid, sentromer, kinetokor, metafaz ve interfaz kromozomu ile kardeş kromatid değişimleri üzerinde durulmaktadır...
Mayoz bölünme, ovogenez ve spermatogenez
Mayotik bölünme, ovogonyal ve spermatogonyal kök hücrelerin ard arda geçirdikleri mitoz bölünmeler sonucunda oluşan ve özel moleküler sinyallerle uyarılan hücrelerin bir S fazı sonrasında geçirdikleri ard arda iki bölünmeyi (mayotik I. Ve Mayotik II. Bölünmeler) kapsar, birinci bölünme daha uzun sürmekte ve kendine özgü alt fazları, tamir mekanizmaları, sinaps, kiazma, krossing/over ve gen dönüşümü (gene conversion), sentromer bölünmesinin olmaması gibi olay ve özelliklerle mitoz bölünmeden ayrılır. İkinci bölünme ise mitoz bölünmenin aynıdır. Mayotik bölünmenin en önemli sonuçları, türe özgü kromozom sayısının korunması ve rekombinantların orta çıkmasıdır...
Konu, birbirine paralel çizilmiş mitoz bölünme, mayoz bölünme, ovojenez ve spermatojenez şemaları üzerinden karşılaştırmalı ve ayrıntılı olarak sunulmakta, bu olaylar sırasında gerçekleşen hücre ve kromozom hareketleri, kromozom ve gen hareketlerinin ilişkileri, bu hareketlerin ovojenez ve spermatojenezdeki zamanlamaları ve farklılıkları üzerinde durulmaktadır...
Mozaiklik ve şimerizm
Bu başlık altında, aynı bir organizmde, farklı kromozom kuruluşlu hücrelerin birlikte bulundukları mozaiklik (mikzoploidi) ve şimerizm (freemartinizm) karşılaştırmalı olarak ele alınmakta, oluşum mekanizmaları, oluştukları düzeyler (gametik, zigotik, somatik gibi) ve bunlara göre etkileri, ayrıca mozaikliğin özel bir tipi olan Lyonizasyon ve kromozom sapmalarının saf formlarının oluşturdukları etkilerle karşılaştırmalar yapılmaktadır.
Mendel Genetiği
Konunun girişinde, Genetiğin babası olarak adlandırılan Mendel’in yaptığı deneyler, elde ettiği sonuçlar, başarılı olmasını sağlayan etkenler ve Mendel’in sonuçlarından, günümüzdeki DNA; gen; hücre bölünmeleri; kromozom hareketleri ve kalıtım arasındaki ilişkiler anlayışına ulaşılana kadar yapılanlar kısaca özetlenmektedir.
Daha sonra, mayotik kromozom hareketleri ile allellerin ve farklı genlerin hareketleri karşılaştırılarak Mendel’in birinci ve ikinci kuralları verilmektedir... gen, allel, hibrit, parental döl, filial döl, çaprazlama, genotip, fenotip gibi terimler konunun akışı içerisinde açıklanmakta, genotiplerden gametlerin saptanması, mono-, di- ve trihibrit çaprazlama, kendileştirme, test çaprazlaması, çaprazlama tablolarının hazırlanıp, sonuçların değerlendirilmesi örnek problem çözümleri ile anlatılmaktadır. Alleller arasındaki ilişkiler (dominantlık, intermedier kalıtım, multipl allelizm gibi alt başlıklarla), farklı genler arasındaki ilişkiler (epistasi, modifikatör,süpressor genler letal genler gibi alt başlıklarla) ayrıntılı olarak anlatılmaktadır. Ayrıca bağlı (linked) genler ile krossing/over ilişkisinden yararlanılarak, incelenen genlerin kromozom üzerinde birbirlerine göre yerleşimlerinin bulunması, örnek problemlerle anlatılmaktadır.
DNA metilasyonu
Çoğu ökaryotik organizmanın DNAsı, replikasyon sonrasında bir takım değişikliklere uğrar. Bu değişikliklerden biri de baz metilasyonudur. Metilasyona uğrayan baz genellikle CG (sitozin_guanin) ikililerindeki C bazıdır. DNA metilasyonundan sorumlu enzimlerin genel adı, metil transferazlardır. C metilasyonu gen ifadesinin kontrolunda rol oynayan mekanizmalardan biridir. Bu konu başlığı altında, gen aktivitesinin kontroluyla ilgili metilasyonun DNA daki yerleşimi, nasıl rol oynadığı, DNA metilasyonu ile sınırlayıcı (restriction)enzimlerinin ilişkilerinden yola çıkılarak DNA metilasyonunun incelenmesinin temel prensipleri, bu inceleme metodlarının, onkogenlerin demetilasyonları ya da tümör supressör genleri metilasyonu ile ortaya çıkabilen kanser tiplerinin ve başka hastalıkların tanı ve sınırlı da olsa tedavisinde yararlı olabileceğini gösteren bulgular tartışılmaktadır...
Hücreler arası haberleşme
Tek hücrelilerde gözlenen fototaksi, kemotaksi gibi hücre-çevre ya da feromenler aracılığı ile olduğu gibi hücre-hücre haberleşmesi, çok hücrelilerde daha da gelişmiş ve karmaşıklaşmış bir organizma içi sosyal kontrol mekanizması şeklinde karşımıza çıkmaktadır. Hücreler arası haberleşme, büyüme; yaşama; çoğalma; ölüm v.b. olayların düzenlenmesini ve hücreler arasındaki koordinasyonu sağlar. Konunun akışı içerisinde, sinyal molekülleri (ligandlar), alıcı moleküller (reseptörler)in çeşitler, özellikleri ve çalışma mekanizmaları, hücreler arası haberleşmenin genel prensipleri, sinyal kaynağı ve hedef hücrelerin özelliğine göre haberleşme tipleri (parakrin, sinaptik, endokrin ve otkrin haberleşme gibi), hücre içerisindeki sinyal akışı ve enerji kullanımı modelleri ile hücresel aktivitelerin, diğer hücrelerin aktiviteleri ile uyumluluğunun nasıl sağlandığını gösteren örnekler konu kapsamına alınmıştır.
Genetik
-
İnsanlarda Kaç Kromozom Vardır?
-
Sık görülen mikrodelesyon sendromları nelerdir?
-
Bilim insanları kromozomları nasıl inceler?
-
Arkea'da Kromozomlar ve DNA Replikasyonu
-
DNA Onarım Mekanizmaları Nelerdir?
-
DNA hasarına neden olan etkenler nelerdir?
-
XYY Süper Erkek Sendromu - JACOB’S, Sendromu
-
Bitki doku kültürü çalışmaları ile haploid bitkiler elde edilebilir
-
Gram pozitif bakterilerden genomik DNA izolasyon protokolü
-
E. coli bakterisinden genomik DNA izolasyon protokolü
-
DNA’nın Keşfi
-
İnsan Genom Projesi Nedir ? Amaçları Nelerdir ?
-
Genomik mikrodizilimlerle ikilenme teşhisi yöntemi
-
Gen duplikasyonu ve amplifikasyonu nedir?
-
DNA ile RNA Arasndaki Farklar ve Benzerlikler Nelerdir