Bakterilerde keşfedilen İkozahedral mikrokompartmanların yapısı

Bu ikosahedral yapılar, bakterilerin çeşitli durumlarda kullandığı, özgün geometrik özelliklere sahip proteinlerden oluşur. © thom graves

Birçok farklı bakteri türü, oldukça çeşitliliği fazla olan ve ardışık kimyasal reaksiyonların yapılmasını sağlayan küçük protein temelli kompartmanlar içerir. Enzim içeriğine bağlı olarak, bölmeler karbon fiksasyonu, enerji üretimi için bazı molekülleri parçalayabilen veya hücreleri stresli koşullardan koruyabilen proteinlerden oluşmaktadır.

Bu ikozahedral yapının bileşenleri; Bakteriyel mikrokompartmanların ana iskelet yapısı üç temel yapısal motifden oluşur ve bunların alt birimleri binlerce protein alt biriminden oluşmaktadır. Bu üç temel motif BMC-T, BMC-H ve BMV olarak adlandırılır.

BMC: Kompartmanların ana kabuk proteini iki ana formdan oluşur: bir hekzameri oluşturan BMC-H ve bir trimeri oluşturan BMC-T. Bu altıgen şekilli bileşenler, ikosahedronun 20 yüzden oluşan ve substratların içeri girmesine ve dışarı çıkmasına izin veren merkezi bir gözenek sistemine sahiptir. BMC-H yapısındaki gözenekler küçüktür ve yanlızca yalnızca bir veya birkaç karbon atomdan oluşan moleküller izin verir. BMC-T gözenekleri ise daha büyük, muhtemelen daha büyük moleküllerin hareketi için daha büyüktür ve bunlar açılabilir veya kapatılabilir. Dış kabuğu oluşturan motiflerin bazılarının, ikozahedron’un yüzlerinin kenarlarını oluşturmak için büküldüğü düşünülse de, bu konformasyonda hangi tip BMC proteini kullandığı hala net değil.

BMV pentamerik proteinler ise, ikosahedronun köşelerini oluşturur.

Bazı mikro bölmeler, iç bileşenler toplandığında (1), kabuk proteinleri, tamamlanan bölmeyi (3) oluşturmak için enzimler ve diğer moleküller (2) etrafında toplanır. Çekirdek proteinleri ve kabuğu aynı anda bir araya geldiğinde (gösterilmemiştir) diğer mikro-komparman tipleri oluşur.

Prof. Dr. Reşit Özkanca

KAYNAK

https://www.the-scientist.com/infographics/infographic--bacterial-microcompartments-basics-65136

#bakterilerde #keşfedilen #ikozahedral #mikrokompartmanların #yapısı